農業部農田水利署苗栗管理處肇始於滿清乾隆20年，苗栗六庄業佃會資興 建之『貓裡三汴圳』，爾後先民隨著墾地的拓展、灌溉需求，陸續完成眾多私設埤圳。日據時代，將涉及公共利益之私人埤圳，指定為公共埤圳，並將人民所不能自辦之水利工程轉由政府興辦，是為官設埤圳。
日據時代
- 民國12年，官設埤圳更名改組為苗栗、後龍、富士、竹南、大隘等五個水利組合，復又合併成苗栗水利組合及竹南水利組合。
臺灣光復後
- 臺灣光復後，將水利組合更名為農田水利協會。
- 民國35年改組為苗栗、竹南農田水利委員會。
- 民國45年，改制為苗栗、竹南農田水利會。
- 民國64年，合併新竹、竹南、苗栗三個農田水利會成立新苗農田水利會。
- 民國71年6月因衡量地理環境之需要及順應民情，奉令劃分為新竹、苗栗二會。
- 民國109年10月1日起改制為「行政院農業委員會農田水利署苗栗管理處」。
- 民國112年8月1日起升格為「農業部農田水利署苗栗管理處」。